Las células progenitoras se obtienen del propio paciente y se congelan aprovechando la recuperación de la quimioterapia. Son mejores tolerados por los pacientes, ya que se les está infundiendo sus propias células, reduciendo el riesgo de algunas complicaciones.

El riesgo de recidiva con este tipo de trasplante es mayor que con el trasplante alogénico, pero la toxicidad del tratamiento es menor.